蔡元培对于现代中国的巨大贡献，主要在大学教育。蔡先生的大学理念，在1930年为《教育大辞书》而撰写的《大学教育》一文中，已得到系统的表述；至于其实现程度，则不妨参照1919年自撰的《传略（上）》。有趣的是，二者均以“思想自由”与“兼容并包”为中心来展开论述。

在《大学教育》中，蔡先生强调大学生大多数都能自己管理自己，学校不妨放任一些，这才是大学与中学的根本区别。有两个判断是互相依存的，哪两个判断呢？也就是说，既然学生有判断是非的能力，大学因而不该垄断思想；大学鼓励自由思考，学生因而得以独立判断。

蔡元培的原话是这样说的：

近代思想自由之公例，既被公认，能完全实现之者，厥唯大学。大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之拘束，亦不受任何著名学者之牵制。苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校中，两相反对之学说，不妨同时并行，而一任学生之比较而选择，此大学之所以为大也。

这是个很简单的命题，可真正实行起来，却不容易。因这命题牵涉现代教育的目的、民族国家的权威、意识形态的控制等，绝非只是校园里湖面上随意泛起的涟漪。就像蔡先生说的，之所以允许“两相反对之学说”并存，除了信任大学生独立思考的能力，更包括对于正常的学术竞争与思想激荡的理解。蔡元培在《我在北京大学的经历》中说“我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的”。并置多种学说，允许学生“比较而选择”，把这个作为大学教育改革的核心，是因为对传统中国思想缺陷的思考。

在1919年8月所写的《传略（上）》中，蔡校长迅速把他治理北大的经验理论化，在张扬他的大学理念的同时，表达了他的宏大理想，也就是改造传统中国思想界趋向于“定于一尊”的思维方式，他写道：

孑民以大学为囊括大典包罗众家之学府，无论何种学派，苟其持之有故，言之成理者，兼容并包，听其自由发展，曾于《北京大学月刊》之发刊词中详言之。然中国素无思想自由之习惯，每好以己派压制他派，执持成见，加酿嘲辞，遂有林琴南君诘问之函，孑民据理答之。

同样是强调“兼容并包”，上面提及的《〈北京大学月刊〉发刊词》与《致〈公言报〉函并答林琴南函》略有区别。《〈北京大学月刊〉发刊词》讲的是“兼容”不同学术流派，如哲学的唯心论与唯物论、文学的写实派与理想派、伦理学的动机论与功利论、宇宙论的乐天观与厌世观；《致〈公言报〉函并答林琴南函》则突出“兼容”不同政治主张，也就是大学教员以学术造诣为主，并不限制他们的校外活动。

而蔡元培也提到：“吾国承数千年学术专制之积习，常好以见闻所及，持一孔之论”，对于意见不同的人，惩罚得轻，就逐出教席，惩罚得重就消灭肉体。如今，借助于引进西方的大学体制，蔡先生希望建立得以自由思想的“安全岛”。

借用英国哲学家、政治理论家伊赛尔·伯林的概念，“兼容并包”是一种“消极自由”，可以保证不同学说能够被自由表述。在中国的特殊语境中，制度性的“兼容并包”，比个人性的“思想自由”，或许更难实现。这才能理解为何蔡元培在《致〈公言报〉函并答林琴南函》中论述“对于学说，仿世界各大学通例，循’思想自由’原则，取兼容并包主义”时，往往强调的是“兼容并包”。1945年11月，清华大学校长梅贻琦在《日记》中写下一段话，可以跟蔡元培的说法相参照：

对于校局，则以为应追随蔡孑民先生兼容并包的态度，以克尽学术自由之使命。昔日之所谓新旧，今日之所谓左右，其在学校应均予以自由探讨之机会，情况正同。此昔日北大之所以为北大，而将来清华之为清华，正应于此注意也。

作为大学校长，蔡元培、梅贻琦两位都深深地明白，能否“兼容并包”，对于大学来说，是“生死攸关”的事情。没有制度性的“兼容并包”作为后盾，无论是吸引大师、专深学术还是独立思考，都根本无法实现。

大学为什么需要兼容并包？鼓励学术创造、便于学生选择、承认真理的相对性等，固然可以算作答案。但是，在蔡元培心目中，最重要的，还是如何拒绝党派或教会的压制，以保持教育的相对独立性。这一思路，与蔡先生游学德国的经历大有关系。

提到大学的相对独立性，蔡元培常常以德国作为佐证。五四运动爆发，蔡校长为抗议政府的镇压爱国学生而辞职。在《不肯再任北大校长的宣言》中，蔡先生说:

“我绝对不能再做不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。德意志帝政时代，是世界著名开明专制的国，他的大学何等自由!那美、法等国，更不必说了。”

三个月后，在全体师生的强烈要求下，蔡校长回校复职，其《回任北大校长在全体学生欢迎会上的演说词》中说:

“诸君都知道，德国革命以前是很专制的，但是他的大学是极端的平民主义；他的校长与各科学长，都是每年更迭一次，由教授会公举的......这是何等精神呵！”

以德国教育为参照系，强调即便政治专制的国家，大学也有相对的独立与自由。蔡校长的做法，包括组织教授评议会，鼓励学生开展社团活动，反对党派或政府直接控制校园，都是力图在制度上保证大学的“平民主义”与“兼容并包”。

“五四”新文化运动时期，追慕德国大学的独立与自由风气的，并非只有蔡元培一个人。除了留学生的实地考察之外，翻译著作的流行，也是理解德国大学精神的重要途径。1916年商务印书馆出版的吉田熊次著，华文祺等编译的《德国教育之精神》，对传播德国大学理念，起过不小的作用。该书介绍德国大学生平日的自由散漫与关键时刻的爱国激情，与日后北大学生的行为颇为相似──尽管二者并非直接的师承。书中谈论德国大学“真为自由之神境”，写道:

德国大学之教育主义，可以自由研究四字尽之。德之学校教育，本施极严肃之教育，唯大学则全然不同，而施无制限之自由主义教育。大学教授得以己所欲讲者讲之，大学学生亦得学己之所欲学，潜心于己所欲研究之问题，遂以是为学制而公认之。

也就是说，德国大学的教育，可以用四个字概括：自由研究。

这种教授讲课与学生听课的绝对自由，背后蕴含的是对于学海无涯的理解、对于个体选择的尊重，以及对于独立思考的推崇。在蔡元培建构北大传统的过程中，德国大学作为重要的理论资源，曾发挥了很大作用。制度是由人建立起来的，同样借鉴德国学制，清廷看中的是它的“保帝国之统一”（《学部奏请宣示教育宗旨折》），蔡元培欣赏的却是保证教授与学生“自由研究”。几乎所有关于蔡氏教育思想的著述，都会论及其“兼容并包”。