哀悼，从一开始就是精神分析的主要工作。精神分析的哀悼源自一位父亲的去世，送葬者是他的儿子西格蒙德·弗洛伊德。
弗洛伊德的父亲雅各布·弗洛伊德于1896年10月23日去世。9个月后，即1897年7月，弗洛伊德开始了自我分析，他同时扮演了分析师和患者的双重角色。他自己的梦境成为了自我分析的重点，这和他（在精神分析早期）鼓励患者进行自由联想的方法有所不同。弗洛伊德在自我分析的过程中，反思了自己和父亲的关系，并且持续探索自己的愿望和渴求，同时也阐述了自己对人类心理的普遍看法。弗洛伊德撰写的《梦的解析》成为他最著名的著作，也是精神分析新学科之宣言的标志性出版物。该书出版于1899年，但书上印刷的日期是1900年——毕竟，弗洛伊德认为这本书应该属于新的世纪。尽管《梦的解析》是一位儿子写的，但这个儿子自己已经是父亲了。弗洛伊德的女儿安娜·弗洛伊德后来也成为了一名精神分析师，安娜·出生于1895年12月，10个月后，雅各布·弗洛伊德去世。安娜是弗洛伊德六个孩子中的最小的一个，她上面有三个哥哥，两个姐姐。尽管雅各布·弗洛伊德之死让他的儿子踏上了探索内心的道路，但是，弗洛伊德对父亲的描述却十分鲜活。在自我分析期间，弗洛伊德写了许多信给他的同事威廉·弗利斯（Wilhelm Fliess），让他知道了自己的分析过程和见解。
弗利斯是一位耳鼻喉科医生，曾在柏林生活和工作。1887年11月，他在维也纳见过弗洛伊德。弗洛伊德带着他参观了这座城市，在弗洛伊德年长的导师约瑟夫·布洛伊尔的建议下，弗利斯参加了弗洛伊德举办的一次学术讲座。弗利斯回到柏林后开始了和弗洛伊德的通信，只有弗洛伊德的信件幸存下来。人们可以通过这些信件更深入地了解弗洛伊德自己的家庭生活和早期精神分析中的一些概念。就这样，这些通信在三人之间形成了一个三角：弗洛伊德、去世的父亲、地理上不在身边的朋友。弗洛伊德认为自己是一位作家，不仅渴望自我探索，而且渴望男性友谊。虽然弗洛伊德的哀悼不容置疑，但其他的问题很快就渐渐清晰。在他的梦和回忆中，他的父亲并不完全符合当时理想中的坚定男子气概形象，雅各布的行为引起了儿子的怨恨。
有一次，雅各布·弗洛伊德在街上被一个陌生人袭击，只是因为他是犹太人。但是，这位被侮辱的人并没有做出任何有尊严的行为——他只是默不作声的从水沟里捡起了帽子。
任何儿子都不愿意看到这种令人尴尬的顺从行为。但是，正如弗洛伊德写给弗利斯的信中所证明的那样，雅各布·弗洛伊德的儿子也不太符合男子气概的理想，尽管父子之间的方式各异。弗洛伊德探索了自己和通讯员的关系，发现了自己对弗利斯的吸引力，在此过程中剖析了自己的性欲和欲望。他发现，自己必须面对自己女性的一面。
就像弗洛伊德一样，弗利斯既是执业医生，又是科学家和学者。他的研究以生物学为基础，具有高度的推测性。1897年，他出版了一本书，名为《鼻子和女性性器官之间的关系》。他的理论引导了与鼻子相关的外科实验，通过这些实验，他试图减少患有癔症症状的女性患者的投诉。其中一名患者是Emma Eckstein。弗利斯在弗洛伊德的一次医疗手术失败后把她送到了弗洛伊德那里，这件事在1895年的弗洛伊德梦中占据了中心地位，并出现在《梦的解析》中的《梦的样本分析》章节中。弗利斯还关注生物节律对女性和男性的重要性。他认为这些将对精神疾病的分类产生影响，并有助于治疗癔症。他在《生命之旅，科学生物学基础》中开始用23或28天的周期来描述人类生物学。这本书出版于1906年，但在他与弗洛伊德的书信中，他专心为弗洛伊德的研究收集数据。然而，最重要的是，弗利斯将是第一位提出人类双性恋普遍概念的理论家。“只有知道自己掌握真相的人才能像你一样写作。”弗洛伊德在写给他在柏林朋友的信中如是表达了自己的钦佩之情。虽然他也会在自己的作品中考虑弗利斯的双性恋概念，但他的早期分析侧重于自己作为一个男人的发展，尽管他无法否认自己对弗利斯的感情。后来，弗利斯会指责弗洛伊德把他的双性恋观点传给了第三个人，即，奥托·韦宁格，韦宁格的挑衅性研究《性与性格》于1903年发表，立即引起了人们的关注，从而使弗利斯的发现被搁置一边。
弗洛伊德一直坚持进行自我分析。他可以回忆起的重要童年场景就是他的母亲。在1897年10月3日写给弗利斯的一封信中，他回忆起了一次从莱比锡到维也纳的家庭旅行，当时一家人正准备在那里安顿下来。在火车上，这个两岁的孩子有机会和他的母亲共度夜晚，“而且一定有机会看到她的裸体。”弗洛伊德在2周后于1897年10月15日写的一封信中解释道：“事实上，我的自我分析是我拥有的最基本的东西，如果它结束了，它将对我产生最大的价值。”他在信中还提到了自己的各种梦。“如果分析符合我的期望，”他写道，
”我将系统地研究它，然后把它摆在你面前。到目前为止，我没有发现什么全新的东西，只是发现我已经习惯了所有复杂的情况。这绝非易事，对自己完全诚实是一种很好的锻炼。我突然想到了一个普遍的价值观——我发现我自己也爱上母亲、嫉妒父亲，现在我认为这是一个普遍现象。在幼儿早期，即使不像现在儿童时期那么早，也会变得如此歇斯底里。如果是这样的话，我们可以理解俄狄浦斯·雷克斯的魅力，尽管我的理性用各种观点反对命运的预设；我们可以理解为什么后来的“命运剧本”注定会如此惨烈。我们的情绪升起，反对任何武断的个人强迫，例如在《死去的阿芙罗》等书中预设的；但希腊传说戳中了每个人都得承认的一种冲动，因为人们能够体会到这种存在于自己体内的冲动。观众中的每一个人都曾是幻想中初露端倪的俄狄浦斯，每个人都害怕（转移到现实中的）自己的梦境会在现实中实现，并心生恐惧。这是因为彻底的压抑，让他幼稚的状态与现在的状态分离开来。“
弗兰兹·格里尔帕泽（Franz Grillparzer）的《祖先》（The Annfrau）于1817年首次出版，讲述了一个儿子杀死父亲的故事。在上面引用的信中，弗洛伊德不仅将自己对索福克勒斯的解读与格里尔帕泽的作品进行了比较。这两部戏剧和第三部部剧作构成了另一种三角关系。这第三部剧作就是弗洛伊德在未来几年里关注的《哈姆雷特》。弗洛伊德认为他在莎士比亚的这部作品中找到了一部类似于俄狄浦斯王的家庭剧，这比格里尔帕泽的《祖先》更优秀。弗洛伊德问道：“歇斯底里的哈姆雷特如何为自己的话语辩护？‘良心使我们所有人都成为懦夫’？”“他如何解释自己在为父亲报仇时的犹豫不决，因为他的叔叔被谋杀了，而这个人正是毫无顾忌地将他的朝臣送死的，他在谋杀莱尔提斯时是积极的鲁莽者？”当索福克勒斯的剧本遭受代际顺序的质疑时，弗洛伊德（很奇怪地）在这一段中错把父亲错当成了儿子，并用年轻的莱尔茨取代了波洛尼乌斯。
弗洛伊德在1897年10月17日的信中还首次考虑将索福克勒斯的剧本作为理解人类心理的关键文本。一对在路上的父子再次出现：父亲雅各布·弗洛伊德受到了侮辱、依然很被动；而儿子俄狄浦斯快做出了回应，并找到了自己的道路。我们不知道雅各布·弗洛伊德遇到的陌生人有着怎样的身份，但俄狄浦斯用暴力行为回敬的陌生人，却是他的亲生父亲。这个故事现在将具有特殊意义，并从他写给弗利斯的信中，将把自己的论点改写如下，同时重新引用格里尔帕泽（Grillparzer）的剧本：
如果《俄狄浦斯王》能打动现代观众，那也能够打动当代观众。很少有希腊人会这样解释，它的效果不在于命运和人类意志之间的对比，而在于对比所体现之素材的特殊性。一定有某种东西让我们的内心发出声音，准备承认俄狄浦斯命运中的强制力量，而我们可以将《死去的阿芙罗》或其他现代命运悲剧中所规定的这种处置方式看作是武断的。事实上，俄狄浦斯国王的故事中就涉及到这类因素。
这是弗洛伊德第一次提到的现象，他将其命名为俄狄浦斯情结（Oedipus complex）。然而，在这里，弗洛伊德不再提及他自己的个人经历。当他从给弗利斯写一封私人信件转向为，向公众写一本书时，他不再像索福克勒斯剧中的俄狄浦斯那样简单地承认弗利斯发现的双性恋真相（或者他自己的声称的内心软弱）一样。相反，俄狄浦斯的故事实现了一个普遍真理，并提供了适合人类心灵的通用钥匙：
他的命运让我们动容，只是因为可能我们也有着相同的命运，因为神谕在我们出生之前就对我们和他施加了同样的诅咒。也许，这是我们所有人的命运，把我们的第一次性冲动指向我们的母亲，把我们第一次仇恨和第一次谋杀的愿望指向了父亲。我们的梦让我们相信这是真的。俄狄浦斯王杀死了他的父亲拉伊俄斯（Laïus ），娶了他的母亲约卡斯塔（Jocasta），这只不过是向我们展示了我们童年愿望的实现。但是，比他幸运的是，我们的成功也同时达成——迄今为止，我们在远离对母亲的性冲动，以及忘记了我们对父亲的嫉妒的过程中，还没有成为精神病患者。在这里，我们童年的这些原始愿望已经实现了，而我们从他那里收缩，因为从那时起，这些愿望一直被压抑在我们心中。虽然古希腊诗人在揭示过去的同时，也揭示了俄狄浦斯的罪恶感，同时也迫使我们认清了自己的内心世界，在那里，那些同样的冲动虽然被压抑，但仍有待发现。
弗洛伊德的自我分析为他提供了对索福克勒斯戏剧的新理解。彼时，弗洛伊德已经为癔症患者提供了好几年的治疗，并希望能够治愈他们。1895年，他与布洛伊尔一起出版了《癔症研究》。同年10月，他写信给弗利斯：
我几乎可以肯定，我已经用婴儿性休克和性快感的公式解决了癔症和强迫症的谜团，我同样可以肯定，一般来说，这两种方式不仅可以治愈个人的症状，而且可以治愈神经症的性格本身。这给了我一丝淡淡的快乐，因为我活了大约四十年，虽然没有虚度光阴，但也没有真正的满足感，因为心中想要获得新知识的差距要求我全然投入。
但弗洛伊德也解释说，这个“震惊”（的发现）是女性患者生命中的某个早期性事件导致的后遗现象。他敦促患者回忆她与父亲的关系，或者她家庭圈子中其他年长男性的关系。在治疗病人时，弗洛伊德开始寻找那些似乎被病人遗忘的事件，但奇怪的是，这些事件仍然被认为是歇斯底里症状。在弗洛伊德发现了俄狄浦斯故事中的通用模式之后，他便放弃了他早期作品中所谓的诱惑理论（seduction theory）。后遗现象似乎不仅可能由实际事件造成，也可能由想象中的事件造成。此外，弗洛伊德能够假设后遗性（Nachtrglichkeit）的不同的时间概念，其中事件仅在记忆中建立。弗利斯转介给弗洛伊德的病人Eckstein对这个发现有着重要的贡献。1895年，在弗洛伊德为弗利斯提供的《科学心理学纲要》中，该案例提供了一些内容：
艾玛目前有一种强迫，无法独自走进商店。原因在于她回忆起的十二岁（青春期后不久）时的记忆。她走进一家商店买东西，看到两个店员（她只记得其中一个）一起大笑，她带着某种恐惧的表情跑掉了。与此相关的是，她回忆起他们两人在嘲笑她的衣服，其中一人在性方面让她很开心。
这个故事似乎微不足道，年轻女子的“恐惧感”很难理解。她为什么如此渴望离开商店？弗洛伊德不得不参考病人Eckstein的自由联想，以及她早期的记忆来寻找解释：
近一步的调查发现了第二个记忆，她否认了这一点。在第一幕的时候，我就想到了这一点，也没有任何证据可以证明这一点。在她八岁的时候有两次去一家小商店买糖果，店主透过她的衣服抓了她的生殖器。尽管有第一次的经历，她还是第二次去了那里；第二次之后，她停了下来。现在，她责备自己第二次去那里，好像她想以此挑起攻击。事实上，“令人压抑的良心不安”的状态可以追溯到这种经历。
如果我们把场景二（店主）和场景一放在一起，我们现在就能理解场景一（店员）了。在第一和第二段叙述中，弗洛伊德依赖的是Eckstein的记忆，而不是梦。然而，奇怪的是，第二次经历长达八年。这个长大的女孩能够评论这个十二岁孩子后来的经历，他们都反映了弗洛伊德所治疗的成年女性的行为。这是时间方向的颠倒；弗洛伊德必须深入Eckstein的过去，才能找到一个解释。当这个8岁的女孩被一个男人骚扰时，她会知道他的性欲吗？当弗洛伊德遭遇了她讲述的大笑的推销员的情景时，他发现了相反的情况；这个女孩似乎喜欢其中的一个。在这里，Eckstein已经过了青春期。只有过了青春期，女孩才会意识到以前发生了什么；只有遇到自己的性别、性欲，她才能理解早先男人对年轻女孩的意图吗？正如弗洛伊德意识到的那样，记忆并不仅仅是回忆过去。它们发生在当下，并根据一个人在当下拥有的知识来确定记忆自身的方向。因为这个后遗性或创伤体验没有什么可以归因于过去，也没有什么是不能在以后改变的。甚至后遗性本身似乎也只是姗姗来迟。重复过去的经验对于创伤本身而言，早期事件的存在与否，与之无关；记忆才是最重要的。
索福克勒斯的戏剧不仅有助于弗洛伊德发现一个古老的神话，也有助于重新发现它；认识到一个他肯定已经知道的真相。后来的批评家，如杰弗里·马森（Jeffrey M.Masson），以批评弗洛伊德放弃诱惑理论而闻名。马森认为，弗洛伊德在回避诱惑理论的同时，也有意识地回避了在社会现实中和维也纳大量存在的猥亵儿童案件。弗洛伊德自己是不是一个如此保守的家庭父亲，以至于他选择了保持视而不见。其他父亲又是如何对待女儿的？但是，当弗洛伊德拒绝诱惑理论、并将想象与现实区分开的同时，也为精神分析确立了正确的框架。甚至儿子与父亲的关系，也不必依然真实，也是可以想象的。俄狄浦斯情结成为了精神分析的核心概念。
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